研究 / Research

隠岐の島の頭足類(十腕形上目)

2022.02.13 12:14

1. スルメイカ(Todarodes pacificus)隠岐の島周辺ではマイカとかシマメとも呼ばれます。初夏~夏と冬にシーズンがあります。スーパーマーケットで入手可能

pandasの続き

2021.02.08 06:14

前回、動物のデータフレームの処理を行いました。その続きで、今回は、特定の列の抽出、特定の行の抽出、カラムの統合、ファイルへの書き出し、加えて、特定の文字列の切り出しを紹介します。これらの組み合わせ次第でBLASTのベストヒットの抽出ができるようになるはずです。まず、特定の列の抽出...

Pandasを使って同じ組み合わせの抽出

2021.02.08 04:24

Pythonのパッケージpandasを使って、簡単なデータ処理を行います。ここでは、適当な動物名を作るデータフレームから、「2つのカラムで共通する、実際に存在する動物」を抜き出す処理を行います。研究的には、2種類の動物で双方向にBLASTを行い、ベストヒットの結果の組み合わせを抽...

PCRのトラブルシューティングマニュアル

2020.12.30 11:07

私はこれまで、タカラバイオ株式会社のExTaq®︎やPrimeSTAR®︎シリーズや、RocheのFastStart Taq DNA Polymerase、その他PCRキット系の物をいくつか使ったことがあります。近年、各社から販売されるPCRに関する製品は多様化し、用途に応じてプ...

コンピテントセル作成

2018.12.17 16:09

１．種菌をLB plateにストリーク(O/N)…① ２．コロニー２,３個をつつき、数ml(3～5ml)のLBで振盪培養(5時間程度)…② ３．コンピテントセル培養溶液*で振盪培養(18℃、O/N～2日)…③分光光度計で菌の濃度を確かめ、OD600＝0.4～0...

Pygmy Squid Whole-Mount In Situ Hybridization

2018.12.11 09:37

This protocol is largely based on Yu and Holland (2009) with some modification. Some procedures followed Ono et al. (2014) an...

Chai-squared test in R

2017.08.01 00:16

In this study (1), I was involved with a part of research that analyzes the function of Conserved Noncoding Elements (CNE) upstream of Amphi...

Rでカイ二乗検定　Chai-squared test in R

2017.07.29 23:33

私はこの論文(1)の中でナメクジウオの遺伝子Msxの上流にある保存的な非コード領域(Conserved Noncoding Elements=CNE)がMsxの発現をどのように制御しているのかを調べている部分を担当させていただきました。まずはプラスミド作成から。ナメクジウオFox...

クローニングのトラブルシューティング

2017.06.24 10:08

クローニングにおいてトラブルシューティングはつきものです。ラボでうまくいかずに困っている人は案外多いのではないかと思います。なので、クローニングの一連の流れと、トラブルシューティングを図にしてみました。右上を目指して頑張りましょう！！

In situ hybridizationにおけるシグナルの向上

2017.06.24 03:27

In situ hybridization/In situ ハイブリダイゼーションとは、組織内でのmRNAの局在を検出する良い技術であるが、どういうわけかシグナルが検出出来ないということも良くある。シグナルがうまく検出出来ない理由としては1. プローブがうまくできていない、もしく...

How to remove magnesium chloride crystals on the bottom of dish./ディッシュの底に付いた塩化マグネシウムの結晶の除き方

2016.05.16 06:12

0.2N HCl/PBSTで落とす。in situ hybridizationの発色の段階で長時間発色させていると塩化マグネシウムの結晶が生じやすい。これはアルカリ性の条件の下で生じやすいので、酸性に傾ける事で比較的簡単に落とす事ができる。このとき、サンプルの組織内にも結晶が生じ...