BIOLOGY IS FUN!!

1. スルメイカ(Todarodes pacificus)隠岐の島周辺ではマイカとかシマメとも呼ばれます。初夏~夏と冬にシーズンがあります。スーパーマーケットで入手可能

前回、動物のデータフレームの処理を行いました。その続きで、今回は、特定の列の抽出、特定の行の抽出、カラムの統合、ファイルへの書き出し、加えて、特定の文字列の切り出しを紹介します。これらの組み合わせ次第でBLASTのベストヒットの抽出ができるようになるはずです。まず、特定の列の抽出...

Pythonのパッケージpandasを使って、簡単なデータ処理を行います。ここでは、適当な動物名を作るデータフレームから、「2つのカラムで共通する、実際に存在する動物」を抜き出す処理を行います。研究的には、2種類の動物で双方向にBLASTを行い、ベストヒットの結果の組み合わせを抽...

１×ソミュール液の調整水：１Lくらい用意する塩：70g（Final conc. 7%）砂糖：50g（Final conc. 5%）ローリエ：２枚程度ローズマリー：お好みの量タイム：お好みの量ブラックペッパー（粒）：お好みの量ニンニク：1片の半分くらい、お好みの量●水800mlに塩...

あけましておめでとうございます本年もよろしくお願いいたしますさて、年末年始とその１週間後くらいに２回ほど大雪になりました。その影響か、海水温が1月に入って一気に下がったように思えます。水温の低下とともに沿岸の魚の数はめっきり減ってしまいましたが、海藻・海草は勢い付いてきており、ア...

2020年10月某日、採集のお手伝いをしつつ動画撮影してみました。

2020年8月の豪雨後、エチゼンクラゲをあちこちで見かけました。沿岸に漂着する頃にはだいたい傘に穴が空いており、沈んでしまった後は魚に食べられてしまいます。

私はこれまで、タカラバイオ株式会社のExTaq®︎やPrimeSTAR®︎シリーズや、RocheのFastStart Taq DNA Polymerase、その他PCRキット系の物をいくつか使ったことがあります。近年、各社から販売されるPCRに関する製品は多様化し、用途に応じてプ...

１．種菌をLB plateにストリーク(O/N)…① ２．コロニー２,３個をつつき、数ml(3～5ml)のLBで振盪培養(5時間程度)…② ３．コンピテントセル培養溶液*で振盪培養(18℃、O/N～2日)…③分光光度計で菌の濃度を確かめ、OD600＝0.4～0...

This protocol is largely based on Yu and Holland (2009) with some modification. Some procedures followed Ono et al. (2014) an...

In this study (1), I was involved with a part of research that analyzes the function of Conserved Noncoding Elements (CNE) upstream of Amphi...

私はこの論文(1)の中でナメクジウオの遺伝子Msxの上流にある保存的な非コード領域(Conserved Noncoding Elements=CNE)がMsxの発現をどのように制御しているのかを調べている部分を担当させていただきました。まずはプラスミド作成から。ナメクジウオFox...